Nachdem die Speiseröhre das Zwerchfell durchtreten hat, mündet sie in den Magen (Ventriculus). Dieser ist mit einer starken Schleimhaut ausgekleidet, die deutlich ausgeprägter ist, als im übrigen Verdauungstrakt. Die Schleimhaut liegt in Längsfalten, so dass sie bei Dehnung durch üppige Nahrungsaufnahme nachgeben kann. Zwei dieser Falten liegen am Magenrand und bilden die sogenannte Magenstraße, durch die Flüssigkeit selbst bei gut gefülltem Magen diesen schnell in Richtung Dünndarm passieren kann.
Die äußere Wand des Magens besteht aus elastischem Bindegewebe und ringförmiger Muskulatur. Bei Füllung des Magens beginnt diese Muskulatur sich segmentweise zusammenzuziehen, so dass der Speisebrei intensiv mit Magensaft durchsetzt wird. Dieser Magensaft besteht überwiegend aus einer Vorstufe eiweißspaltender Enzyme, Salzsäure und Schleim. Die Aufgabe der Salzsäure ist es, die eiweißspaltenden Enzyme zu aktivieren, die Nahrung zu desinfizieren und somit in der Nahrung befindliche möglicherweise pathogene – also krankmachende – Keime abzutöten.
Durchschnittlich verweilt eine Mahlzeit in etwa 3 bis 4 Stunden im Magen, wobei ein sehr fettreiches Mahl durchaus auch etwa 7 Stunden im Magen bleiben kann. Die Weitergabe des Speisebreis an den Dünndarm erfolgt portionsweise durch den Magenpförtner (Pylorus), einen ringförmigen Muskel, der Magen und Dünndarm voneinander trennt. Dadurch wird dem Dünndarm genügend Zeit gegeben, die entsprechende Nahrungsmenge weiterzuverarbeiten.
Sowohl die Steuerung der Muskeltätigkeit des Magens als auch die Freisetzung des Magensaftes unterliegen einem sehr komplexen Einfluss durch Nerven und Hormone. Diese komplizierte Steuerung macht deutlich, dass Störungen in diesem Gefüge zu vielfältigen Problemen führen können. Bei nervlicher Anspannung oder Stress kann einem vieles „auf den Magen schlagen“.
Außerdem kann es Unstimmigkeiten bei der Bildung der schützenden Schleimschicht oder der Menge an Salzsäure geben. Diese Störungen können sich in Magenschleimhautentzündungen (Gastritis), Magengeschwüren (Ulcus ventriculi) oder auch dem Reizmagen äußern. Auch eine bösartige Veränderung des Gewebes (Magenkrebs) ist im schlimmsten Fall möglich.